中国高校校办企业管理体制改革的进程，可以说是从“校办企业”到“校有企业”的转变过程。“校有企业”强调以资本为纽带的规范管理和以科技成果转化为使命的高科技特色，“校有企业”和“校办企业”的本质差异在于高校不再是亲自“办”企业了，而是通过资产纽带“拥有”子公司股权，按法人治理结构去经营所投资的校有资产。[23]高校校办企业管理体制改革进程中，最令人瞩目的举措莫过于高校资产经营公司的成立。
（一）校办企业管理体制改革的法律基础
1999年，当时实行的《中华人民共和国公司法》第二十条规定：“有限责任公司由二个以上五十个以下股东共同出资设立。国家授权投资的机构或者国家授权的部门可以单独投资设立国有独资的有限责任公司。”在当时的法律规范下，除非国家授权，否则是不允许成立独资有限责任公司的。
2001年，国务院办公厅转发了教育部、国务院体改办等部门《关于北京大学清华大学规范校办企业管理体制试点指导意见》（国办函〔2001〕58号，以下简称“《意见》”），以国务院授权的方式为北京大学、清华大学两所高校校办企业管理体制的率先改制奠定了法律基础。《意见》要求“学校依法设立经营经营性国有资产的资产经营公司，或从现有校办企业中选择一个具有一定规模的全资企业，代表学校统一持有校办企业及学校对外投资的股权，负责经营、监督和管理，并承担相应的保值增值责任”。
（二）北京大学和清华大学的校企改制试点
自2001年以来，北京大学、清华大学校办企业改制工作便在教育部的直接领导下开始组织实施。2002年3月，教育部正式批复了北京大学、清华大学关于规范校办企业管理体制试点指导意见的实施方案，北大、清华两校校办企业改制正式启动。2003年4月，《国务院办公厅关于同意北京大学清华大学设立北大资产经营有限公司和清华控股有限责任公司的复函》（国办函〔2003〕30号）发布（具体内容参见拓展阅读资料1-2），国务院办公厅再次以复函的形式推动两校校企改制的进程。复函明确指出“同意北京大学将其全资企业北京市北大三川信息技术公司依法改制为北大资产经营有限公司”，“同意清华大学将其全资企业北京清华大学企业集团依法改制为清华控股有限责任公司”。至2003年9月，清华控股有限公司正式成立，标志着两校改制试点工作取得了实质性成果。
【拓展阅读资料1-2】
国务院办公厅关于同意北京大学清华大学设立北大资产经营有限公司和清华控股有限责任公司的复函[24]
教育部：
你部《关于北京大学清华大学设立国有独资的“北大资产经营有限公司”和“清华控股有限责任公司”的请示》（教技发〔2003〕1号）收悉。经国务院批准，现就有关问题函复如下：
一、原则同意北京大学、清华大学分别设立国有独资的北大资产经营有限公司和清华控股有限责任公司，代表学校统一持有、经营、监督和管理校办企业及学校对外投资的股权，并承担相应的保值增值责任。两公司的设立，要依照《中华人民共和国公司法》进行规范，严格规范学校与公司的关系，加快建立现代企业制度。两公司累计对外投资额可分别超过本公司净资产的50%。
二、同意北京大学将其全资企业北京市北大三川信息技术公司依法改制为北大资产经营有限公司，在改制前将学校所属校办企业的资产（含股权）全部无偿划入公司，相应调增公司注册资本。公司出资人为北京大学。公司法定代表人由北京大学委派。公司依法经营所属全资企业、控股企业、参股企业中由学校投资形成的国有资产及国有股权，主要从事科技成果转化和推广，高科技企业孵化，技术信息咨询，投资管理，资产运营和资本运作。
三、同意清华大学将其全资企业北京清华大学企业集团依法改制为清华控股有限责任公司，在改制前将学校所属校办企业的资产（含股权）全部无偿划入公司，相应调增公司注册资本。公司出资人为清华大学。公司法定代表人由清华大学委派。公司依法经营所属全资企业、控股企业、参股企业中由学校投资形成的国有资产及国有股权，主要从事科技成果转化和推广，高科技企业孵化，技术信息咨询，投资管理，资产运营和资本运作。
四、北大资产经营有限公司和清华控股有限责任公司设立前，可按划转企业2002年度财务审计报告核定国有资本，办理国有资产产权登记手续。
五、北大资产经营有限公司和清华控股有限责任公司的组建方案和章程，由你部会同国有资产管理部门根据本复函精神审批。(www.zuozong.com)
六、北京大学、清华大学规范校办企业管理体制试点工作，要严格依照《国务院办公厅关于北京大学清华大学规范校办企业管理体制试点问题的通知》（国办函〔2001〕58号）的有关规定进行，你部要会同有关部门加强指导和协调。
国务院办公厅
二〇〇三年四月二十四日
北京大学、清华大学校办企业管理体制改革的重点内容见表1-7。
表1-7 北京大学、清华大学校企改制的重点内容
资料来源：①姜玉祥.北大校企改制方案［J］.中国高校科技与产业化，2002（11）：25-28.②荣泳霖.清华校企如何改制［J］.中国高校科技与产业化，2002（10）：31-33.
在北京大学、清华大学的校企改制中，资产经营公司的设立理顺了高校与企业之间的产权关系。资产经营公司代表学校统一持有、经营、监督和管理校办企业及学校对外投资的股权，并承担相应的保值增值责任。资产经营公司与其控股、参股企业之间是股东与其投资企业之间的关系。经过改制后，资产经营公司下属的控股、参股的公司成为承担有限责任、自主经营、自负盈亏、照章纳税的市场主体，它们与学校之间的关系由原来的行政隶属关系，转变为平等的民事主体之间的关系，并通过资产经营公司的股权纽带，保持与学校之间的资产关系。
（三）其他高校校办企业的陆续改制
为向全国推广北京大学和清华大学的校企改制试点经验，教育部于2005年7月23日到24日召开全国高校科技产业工作会议，于10月22日颁布《教育部关于积极发展、规范管理高校科技产业的指导意见》（教技法发〔2005〕2号），文件指出要在“积极发展、规范管理、改革创新”的指导方针下，重点推进高校产业规范化建设，其中一个重要内容便是，“高校要依法组建国有独资性质的资产经营有限公司或从现有校办企业中选择一个产权清晰、管理规范的独资企业，将学校所有经营性资产划转至高校资产公司，由其代表学校持有对企业投资所形成的股权”，并要求“各高校要在2006年底前组建高校资产公司并完成资产划转”。
该《指导意见》发布后，教育部不断加大力度，部署推动全国高校校办企业改制工作。2006年，《教育部关于高校产业规范化建设中组建高校资产经营有限公司的若干意见》（教技发〔2006〕1号），明确了“高校资产公司的组织形式可以是《公司法》规定的国有独资公司或一人有限公司（法人独资有限公司）”，高校资产经营公司的组织形式有所扩充，不再局限于国有独资公司。2006年10月，教育部召开推进高校产业规范化建设工作视频会议，要求各高校进一步采取有力措施，切实推进校企改制。
据教育部科技发展中心统计，截至2008年底，72所部属高校（75个校区）中，共有60所高校成立了资产经营公司，其中法人独资企业39家，国有独资企业21家；其他未组建资产经营公司的包括部、省属高校也纷纷在积极筹组中。[25]省属高校企业改制工作也在稳步推进，以北京市为例，2006年北京市教育委员会统一组织了对市属（管）高校、中专学校、直属（管）单位企业的清产核资，有33个单位101家企业完成清产核资。[26]在清产核资基础上，北京市部分产业规模较大的高校积极稳妥地推进了资产公司的组建。
经过几年的努力，高校校企改制工作取得阶段性成果，但一些高校的工作状况未达到理想水平。同时，面临2008年国际金融危机的冲击，校办企业风险管控、规避校企风险成为不得不关注的问题。2009年2月，教育部再次发文推动校企改制工作，《教育部关于做好2009年度直属高校产业工作的意见》（教技发〔2009〕1号）为校企改制工作提出若干硬指标，要求：尚未组建高校资产公司的学校必须于2009年6月底之前完成资产公司组建工作；4月30日前完成对所投资企业占有和使用国有资产的全面清查工作；2009年至少要完成全校70%以上的所投资企业股权相对应净资产的划转工作；2009年度，各校应完成50%以上的学校现有全民所有制企业的改制及撤并任务。
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