1898年美西战争结束后，波多黎各成为美国的殖民地。这场战争标志着西班牙帝国在美洲寿终正寝。美西战争的导火索主要在古巴。战争爆发之前，古巴出现一支由古巴起义者组成的解放军，他们反对西班牙统治，以及外国糖和烟草工业对经济的控制。这支解放军在乡间行军，火烧种植园，使古巴陷入经济混乱。西班牙的反应是野蛮的，派遣20000西班牙军队阻止解放军，并颁布了臭名昭著的集中营令。把妇女、孩子和男人从村庄迁移到要塞，以切断所有对叛军的支持。没有通告正在要塞外旅行的公民，一经发现就被处死，财产被没收。
美国政府出于以下几个原因对起义感兴趣，第一，欲减弱西班牙对美洲的影响。美国政府对要把西班牙人赶走的解放军持同情态度。第二，政府要保护美国人办的糖和烟草种植园。这意味着经济稳定。为了这一目标，美国政府打算建立起保护外国投资者财产的民主政府。出于这种考虑，美国政府在战争结束时，不再对解放军控制古巴感兴趣。第三，美国政府想在加勒比地区建立军事基地。但由于美国介入战争的政治环境，波多黎各而不是古巴成为美国的殖民地。出于军事目的，美国留下古巴的关塔那摩湾，并在波多黎各建立起军事基地。
1898年2月15日，缅因号军舰在哈瓦那港沉没，这个事件使美国国会宣战。当时人们迅速声称是西班牙炸沉这艘军舰，但后来的调查发现是船上煤火引发弹药库爆炸。即使西班牙不应对军舰沉没事件负责，“记住缅因号”成为战争动员令。
由于古巴起义和缅因号的沉没，麦克莱总统要求国会授权介入古巴，国会通过决议呼吁西班牙放弃统治古巴，并撤走一切西班牙军队。决议指出美国无意吞并古巴，西班牙把这一决议视为宣战书，战争很快升级为全球性。在世界的一端，美国军舰驶入菲律宾的马尼拉。在世界的另一端，美国军队和解放军一起把西班牙人赶出古巴。1898年10月18日，在入侵波多黎各3个月后，美国控制开始。(www.zuozong.com)
虽然古巴事件是美西战争的主要原因，但最后签订的条约却集中在西班牙的其他领土。美国国会已经宣布无意统治古巴，美国要求西班牙离开波多黎各、太平洋中部的关岛和菲律宾。随着1898年10月10日签订条约，美国在加勒比太平洋和远东获得了军事战略性基地。在1901年放弃古巴之前，美国国会通过立法命令古巴出卖或出租土地给美国海军基地，这为美国在关塔那摩湾建立海军基地铺平了道路。[106]
作为被征服人民，波多黎各美国人在独立和美国公民资格问题上分裂了。1915年美国国会通过立法给予波多黎各美国人以公民权，这引发了公民权的争论。1916年波多黎各领导人穆诺兹·李维纳（Munoz Rivera）在众议院演讲，要求国会让波多黎各投票决定是否要美国公民资格。国会无视这一请求，通过了《乔斯法案》，并在1917年由威尔逊总统签署通过，[107]《乔斯法案》给波多黎各人美国公民资格，波多黎各人有义务在美军中服役，但他们在全国大选中无权投票。和1901年取消部落政府，给土著美国人以美国公民资格一样，许多波多黎各人并不欢迎这种公民资格。
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