明和年间发生山县大贰的案件之后，关东学术界万马齐喑。田沼意次主政后，轻视学问和学者。田沼意次把德川吉宗说的“世上的事情根本不像读书人说的那样”这句话奉为至理名言，并体现在政策措施上。田沼意次经常说：“没有比学者更无用的人了。”做学问的人琢磨了田沼意次的言外之意之后，开始研究殖产兴业的学问。社会上对这些学问表示欢迎。在这一背景下，研究荷兰人带来的西学的学问“兰学”开始兴起。前野良泽、杉田玄白等研究具有实用价值的西学，切合世人逐利的迫切愿望，引起轰动。当时，在西学热潮中出现了平贺源内等，制造假西洋货，蒙蔽世人。当然，也有研究西学的真才实学者。出羽人佐藤信渊研究农学，通过实践，总结出了很多实用知识，这一成就是前所未有的。时至今日，很多农家都因读了佐藤信渊的农书而受益匪浅。
杉田玄白
平贺源内
不研究实学、西学的学者受到冷遇，僧侣更被视为无用之人，遭人诟病。本居宣长本来是保皇派学者，主张尊皇论，因这类观点受到德川幕府的严格限制，他便迁怒于僧侣，大骂僧侣是“国家的蛀虫”。为了与本居宣长等对抗，僧侣们将信徒们纠集起来，建立起“诸中”等邪教组织，宣扬迷信，蛊惑无知的百姓，以此作为生财之道。其中有一群信徒自称“御藏门徒”，将信徒引入暗室，让他们看镜子中的各种镜像，称之为“未来的现象”，非常怪异。其中的首谋是家住江户上横町的次郎兵卫。次郎兵卫原本是承包德川幕府的锻冶业务的御用商人，他和下总行德村的农民善兵卫等勾结，自称“御藏门徒”，从事诈骗勾当。明和三年（1766年），幕府逮捕“御藏门徒”成员，将他们流放至荒岛，并三令五申严禁与“御藏门徒”类似的组织及其活动。
佛教界的上述活动影响到了上野宽永寺，寺内的僧侣发生了内部矛盾，斗争激烈。当时，宽永寺住持是公启法亲王。本来，宽永寺只信奉大乘佛教，公启法亲王将宽永寺的信仰改为小乘佛教。公启法亲王去世后，接替他的是闲院宫之子方宫。方宫刚八岁，由已经隐退的公遵法亲王辅佐方宫处理事务。而宽永寺负责庶务的大僧正义顺等反对这一人事安排，主张由自己辅佐方宫。可见，义顺打算独掌宽永寺的实权，野心勃勃。义顺说：
如果已经隐居的公遵法亲王辅佐方宫，必然会恢复大乘佛教信仰。我们应该继承公启法亲王的遗志，继续信仰小乘佛教。(www.zuozong.com)
最终，双方请德川幕府进行仲裁。安永元年（1772年）十月，义顺等奸僧被开除公职。当时，京都的东本愿寺和西本愿寺、江户的增上寺为“净土真宗”的“真”字争得不可开交，三方都主张自己才是正宗的净土宗。增上寺主张：
我们增上寺是正宗的净土宗，即净土真宗，将“真”字省略，称净土宗。本愿寺使用“净土真宗”是非法的。
京都的两本愿寺则主张：
自开山老祖以来，本愿寺只使用“净土宗”这三个字。后来，本愿寺加了一个“真”字，此后一直使用“净土真宗”这几个字。
双方互不相让，争执不下，最终让德川幕府的寺社奉行进行裁决。这件事情的实质是知恩院宫与本愿寺之间的争执，寺社奉行很难下结论，只好强制双方停止争执，否则予以重罚。
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