1.航运及航道治理
长江口的整治必须坚持以航运、航道整治为重点。天然情况下，长江口门处有大片拦门沙，滩顶水深平均仅6m左右，通过疏浚才能达到7m。2000年3月，长江口深水航道整治一期工程完工，2001年上半年又补充实施了一期完善段工程，航道水深达到8.5m。长江口航道整治要求达到12.5m水深，以满足第三、第四代集装箱轮全天候通航的目标。目前，仅拦门沙河段进行了初步的治理，而南支河段航道的治理仍未启动。因此，长江口深水航道的整治，依然是一项重要而又十分迫切的任务。
2.南支河段的河势控制
河势稳定是保证航道及沿江港口、码头、引排水口安全运行的基础。因此，南支河段的河势控制始终是长江口综合开发整治工作的关键。
长江口南支河段是主要的通航河段，可分为南支上段（又称白茆沙河段）和南支下段。
南支上段自徐六泾至七丫口，全长35km。该段存在的主要问题在于：
（1）徐六泾节点尚未形成具有一定长度的束窄段，上游南通河段主流的摆动仍将影响出徐六泾节点后长江主流的方向，从而对白茆沙河段的河势稳定直接构成威胁。
（2）天然情况下，难以长期维持白茆沙河段的河势稳定。白茆沙南、北水道的河势变化将不可避免地导致该河段的河势调整，同时直接影响下游河势的稳定。尤其在特大洪水情况下，水流顶冲切割白茆沙体，大量底沙下泄，导致下游河段的滩槽失稳。
南支下段自七丫口至吴淞口，全长34km。该河段不仅放宽率大（由7～17km）主流容易摆动，且江中暗沙密布，是长江口内河势最不稳定的河段。该段存在的主要问题在于：
（1）新浏河沙的南压下移始终是威胁新宝山水道航深的主要因素。目前新宝山水道上口-10m航槽已经中断，河势如果继续恶化将影响沿岸宝山钢铁厂、石洞口电厂、罗泾港区、陈行水库及上海市西区污水排放口的正常运转。
（2）在南北港分流口不断下移的过程中，分流通道逐步衰亡，直至在上游切滩又产生新的通道。在此过程中大量泥沙下泄，是造成南北港航道淤浅的直接原因，同时也直接影响到下游南北槽入海航槽的稳定。
3.北支的综合整治
1958年以来，北支零米以下河槽容积减少了约11亿m3，目前北支的零米线已经中断，北支已基本丧失航运功能，主要起排水通道的作用，北支淤积萎缩的趋势不可逆转。另一方面，在枯水期北支向南支大量倒灌水、沙、盐，不仅对南支河段水资源的开发利用带来严重的影响，也是构成南支河段不稳定的因素之一。北支沿江的上海崇明和江苏省启东、海门均有整治北支的强烈愿望，需要统筹兼顾水土资源开发、航运、交通等各方面的需求，抓紧进行综合开发整治。(www.zuozong.com)
4.长江口淡水资源开发利用
上海作为特大型的国际大都市，必须具有从黄浦江和长江口均衡取水的双水源地配置，这不仅是增强上海城市综合竞争力的需要，也是上海城市不可缺少的重要功能之一。同时，沿江太仓、启东、海门、崇明也有开发利用长江口淡水资源的迫切愿望。但在枯水季，由北支倒灌进入南支的盐水以及随潮入侵上溯的盐水导致水体中的含氯度升高，超过生产和生活用水标准。如1999年枯季，长江北支盐水倒灌南支，导致上海陈行水库含氯度连续超标长达25天，严重影响沿岸地区的引水。南水北调工程实施后将进一步加剧河口地区盐水入侵的影响，对此必须高度重视，早作预案。
5.滩涂资源的开发利用需求
新中国成立以来，长江口滩涂围垦造地约86667hm2。近年来，随着经济的高速发展，沿江地区对滩涂资源的开发利用提出了更高的需求。根据规划，上海在2010年以前要围垦40000hm2，促淤73333hm2。目前，长江口3.0m以上的高滩大都已经围垦，中、低滩涂资源虽较丰富，但开发难度较大，同时对河势的影响也相应较大，需要在总体规划的基础上逐步分期实施。
6.生态环境保护
在以往的经济建设过程中，往往对生态环境质量的保护重视不够，长江河口地区在一定程度上也存在类似的问题。目前上海市已在浦东竹圆建造污水排放站，日排放量100万t，远景规划为140万t。上海市合流污水排放二期工程白龙港污水排放站，一期日排放量为170万t，远景500万t。因此，在规划中必须充分考虑排放污水对水环境的影响，务必对生态环境保护予以足够的重视。
7.沿江岸线开发利用的规划问题突出
长江口的岸线具有良好的水域条件，并有雄厚的工业基地作为广阔的腹地，但对岸线的开发利用缺乏全面的统筹安排。近年来由于上海市区黄浦江沿江的港口、企业需要外迁，江苏的常熟、太仓也提出了开发深水岸线的迫切需求，岸线的规划问题显得尤为突出。
长江口地区经济发达，但由于地处河口常受台风暴潮相遇的影响，而沿江大堤尚有相当部分未达到设计标准，与长江口地区的经济战略地位不相适应。
长江口地区年内和年际的降雨不均匀，雨水集中，而排水又受到潮汐的影响，加上区内河闸不配套，骨干河道严重淤浅，长江口大部分地区均未达到规划的排涝设计标准，尤其上海的崇明和江苏的通、启、海地区常易形成内涝，严重地制约了长江口地区的农业发展。
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